A logística possui grande importância para o Banco de Alimentos, sendo um de seus principais pilares. É através da logística que os alimentos são transportados da empresa doadora até o Banco de Alimentos, sendo então analisados, classificados, armazenados e posteriormente distribuídos às entidades beneficentes.

O Plano Logístico do Banco de Alimentos é coordenado pelo Sindicato das Empresas de Transporte de Cargas e Logística no Estado do Rio Grande do Sul - SETCERGS,  presidido por João Jorge Couto da Silva. O SETCERGS participa desde o ano 2000, como Entidade Instituidora do Banco de Alimentos, e trabalha tanto na coleta de alimentos, quanto na  sua distribuição, que obedece planejamento préviamente elaborado, levando-se em conta a relação custo-benefício e ganho em escala,  afim de se evitar que o custo de transporte se torne mais caro que o próprio  produto. Os serviços são executados por profissionais especializados, cedidos pelos seus parceiros. Todas as etapas são realizadas sem nenhum custo para o doador, beneficiário e Banco de Alimentos.

Somente no ano de 2018, as transportadoras parceiras percorreram 100.000km, envolvendo centenas de motoristas e ajudantes voluntários. Neste trabalho, o Mapa da  Capital é dividido em dezenove rotas que contemplam todos os Bairros, sendo que para cada um deles é definido um período do mês para envio dos alimentos. O Banco de Alimentos também conta com frota própria de veículos, constituída hoje por caminhões e camionetes.